В конце войны пилот-камикадзе Коити Сикисима совершил вынужденную посадку на острове Одо. Там находилась секретная ремонтная база японской армии. С наступлением темноты базу атаковало гигантское существо — местные жители прозвали его Годзиллой. Коити удалось выжить.
Он вернулся в Токио, превращённый бомбардировками в руины. Его дом был разрушен, родители погибли. Всё, что у него осталось — это память и чувство вины. В опустошённом городе он встретил девушку. Она тоже потеряла свою семью, но спасла чужого ребёнка во время одного из авианалётов. Они стали жить вместе, помогая друг другу.
Годы прошли. Жизнь медленно возвращалась в город. Коити устроился на опасную работу — обезвреживал неразорвавшиеся мины в водах Токийского залива. Работали они на старом деревянном судне, ходившем по заливу. Однажды во время обычного выхода в море вода вокруг внезапно вздыбилась. Из глубин поднялось знакомое чудовище. Годзилла изменился — стал огромным, словно гора, и излучал ярость. Позже Коити узнал, что это было следствием испытаний атомной бомбы на атолле Бикини. Монстр вернулся, и теперь он был сильнее.
